La microbiota intestinal, compuesta por los microorganismos que viven en nuestros intestinos, puede darnos información sobre nuestra salud, ya que su composición puede depender de factores como la dieta, el estilo de vida o nuestras patologías. Además, saber qué bacterias específicas hay en nuestros intestinos podría ayudar a predecir enfermedades como el cáncer de colon. Los nuevos avances en los métodos de secuenciación del genoma, y las herramientas bioinformáticas que nos permiten analizar los datos, nos han ayudado a identificar miles de nuevos microorganismos presentes en nuestros intestinos a través del análisis de su genoma.

Un equipo de investigadores del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (IDIBELL) y del Instituto Catalán de Oncología (ICO) ha realizado una prueba piloto en el análisis del genoma de la microbiota intestinal. En este estudio, analizaron, mediante dos métodos de secuenciación diferentes, biopsias de colon y muestras fecales de nueve pacientes. El objetivo ha sido implementar técnicas de secuenciación y herramientas de análisis bioinformático.

Es el primer estudio de un proyecto que pretende ser mucho más extenso. Los datos obtenidos en esta prueba piloto servirán de base para el diseño del método de análisis del proyecto Colonbiome. Este amplio proyecto tiene como objetivo encontrar marcadores de microbiota que puedan ser utilizados para la detección temprana del cáncer de colon. Para ello, se recogerán biopsias de colon y muestras fecales de pacientes sanos y de pacientes en diferentes etapas de cáncer colorrectal. Luego se secuenciará el genoma de la microbiota para identificar las diferencias entre los grupos.

Los datos disponibles para todos

Todos los datos obtenidos en este estudio piloto se han introducido en el Archivo Europeo de Nucleótidos, una base de datos pública y de colaboración, en la que se comparten todos los tipos de secuencias genómicas para beneficio de toda la comunidad científica. Además, todos los resultados de esta primera prueba piloto se han publicado en la revista Scientific Data, también una revista pública, donde se detallan tanto las secuencias como los métodos de análisis bioinformático utilizados.

Este estudio no sólo pretende ser útil para la futura labor del grupo, sino que también pretende ser útil para todos los grupos de investigación que están realizando análisis similares o probando nuevas herramientas bioinformáticas, que tienen acceso abierto a todos los resultados obtenidos en este estudio. Además, los investigadores aseguran que también harán públicos todos los detalles de los estudios subsiguientes, para seguir contribuyendo a la colaboración y al progreso en este campo.

Los dos métodos de secuenciación

En el estudio se compararon dos métodos de secuenciación: la 16 y la Escopeta. El primero se centra en la secuencia de un solo gen de los microorganismos, mientras que el segundo nos da la secuencia completa de todo el genoma. Aunque la secuenciación de un solo gen implica menos sensibilidad, puede ser más barata. Además, secuenciar un gen sólo presente en la microbiota nos permite analizar muestras de biopsia sin la interferencia del genoma humano. Además, la prueba piloto ha demostrado que ambas técnicas son consistentes. Aunque la secuenciación completa es más sensible y puede distinguir más especies de microorganismos, los resultados no son contradictorios con la secuenciación de un solo gen.

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