Los estudios de asociación del genoma humano (GWAS) han estimado de manera recurrente estimaciones de heredabilidad más bajas que los estudios familiares. Se han sugerido muchas explicaciones para explicar estas estimaciones más bajas, incluyendo que una proporción sustancial de la variación genética y las interacciones gen por medio no se miden en los GWAS típicos. El microbioma humano está potencialmente relacionado con ambas explicaciones, pero se ha considerado más comúnmente como una fuente de variación genética no medida.

En particular, recientemente se ha argumentado que la variación genética dentro del microbioma humano debería incluirse al estimar la heredabilidad del rasgo. Esbozamos problemas con este argumento, que en su forma más estricta depende del modelo holobiont de las interacciones humano-microbioma. En cambio, argumentamos que el microbioma podría aprovecharse para ayudar a controlar la variación ambiental en una población, aunque eso aún no se ha determinado. Discutimos posibles enfoques que podrían explorarse para determinar si es útil integrar los datos de secuenciación de microbiomas en GWAS

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