Un mayor riesgo de desarrollar cáncer colorrectal (CCR) y otros tipos de tumores se asocia con el síndrome de Lynch (SL), una afección hereditaria causada por mutaciones de la línea germinal en los genes de reparación de errores de apareamiento. Seleccionamos una cohorte de pacientes con SL que habían desarrollado CCR y habían sido sometidos a resección quirúrgica.

Se utilizaron bloques de tejido incluidos en parafina fijada con formalina (FFPE) de mucosa colorrectal y normal emparejada para la extracción de ADN genómico con un kit comercial y se secuenciaron mediante secuenciación de alto rendimiento. Un enfoque metagenómico permitió la identificación taxonómica y funcional de la comunidad microbiana y genes asociados detectados en las muestras.

Se observó una diversidad taxonómica ligeramente menor en el tumor en comparación con el tejido no tumoral. Además, las diferencias más notables entre tumores y tejido sano fue el aumento significativo del género Fusobacterium en los primeros, en particular la especie F. nucleatum, así como Camplylobacter o Bacteroides fragilis, de acuerdo con estudios previos de CCR.

Sin embargo, a diferencia de estudios anteriores, el presente trabajo no se basa en la detección dirigida por qPCR, sino que utiliza un enfoque metagenómico para recuperar toda la comunidad bacteriana y aborda la dificultad adicional de utilizar FFPE almacenado a largo plazo.

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