El objetivo de este estudio es analizar la diversidad y la composición taxonómica de la microbiota nasofaríngea, para determinar su asociación con el resultado clínico de la COVID-19. Para estudiar la microbiota, utilizamos la secuenciación del ARNr 16S de 177 muestras procedentes de una cohorte retrospectiva de pacientes hospitalizados por COVID-19. Las secuencias crudas fueron procesadas por QIIME2.

Las asociaciones entre la microbiota, la ventilación mecánica invasiva (VMI) y la mortalidad por todas las causas se analizaron mediante regresión logística múltiple, ajustada por edad, sexo y comorbilidad. Los índices de diversidad α de la microbiota fueron más bajos en los pacientes con un resultado fatal, mientras que el análisis de diversidad β mostró una agrupación significativa en estos pacientes.

Tras el ajuste multivariante, la presencia de Selenomonas spp., Filifactor spp., Actinobacillus spp. o Chroococcidiopsis spp. se asoció a una reducción de más del 90% de la VMI. Una mayor diversidad y la presencia de determinados géneros en la microbiota nasofaríngea parecen ser biomarcadores tempranos de una evolución clínica favorable en los pacientes hospitalizados por COVID-19.

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