En este trabajo se describe un nuevo procedimiento que permite la modificación selectiva de la microbiota del intestino humano mediante el uso de anticuerpos contra proteínas bacterianas asociadas a la superficie, específicas del microorganismo de interés.

Para ello, se desarrolló un anticuerpo policlonal que reconoce la proteína asociada a la superficie de la proteína de la capa superficial A de Lactobacillus acidophilus DSM20079T. Al conjugar este anticuerpo con sondas fluorescentes y partículas magnéticas, fuimos capaces de identificar específicamente esta bacteria tanto en una microbiota sintética como en una microbiota intestinal real mediante un enfoque de citometría de flujo.

Además, demostramos la aplicabilidad de este anticuerpo para reducir las complejas microbiotas del intestino humano de L. acidophilus en un solo paso. Se descubrió que L. acidophilus interactuaba con otras bacterias tanto en los microbiotas sintéticos como en los reales, como se refleja en su agotamiento concomitante junto con otras especies.

Una mayor optimización del procedimiento, que incluía un paso de tripsina, permitió lograr el aislamiento selectivo y completo de esta especie.

El agotamiento de una sola especie de una microbiota intestinal, utilizando anticuerpos que reconocen elementos específicos de la superficie celular del organismo objeto de la investigación, abrirá nuevas vías para abordar la investigación sobre las contribuciones inmunomoduladoras y metabólicas específicas de una bacteria de interés en el contexto de una compleja microbiota intestinal humana, incluida la investigación de aplicaciones terapéuticas mediante la adición o el agotamiento de una bacteria clave.

Esta es la primera obra en la que una aplicación basada en anticuerpos/citometría de flujo permitió la edición selectiva de microbiotas en el intestino humano, y representa la base para el diseño de terapias de precisión basadas en los microbiomas.

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