Muchas enfermedades son impulsadas por las interacciones genético-ambientales. Un factor ambiental importante es la producción metabólica de la microbiota del intestino humano. Es fundamental disponer de un catálogo completo de metabolitos humanos originados en los microbios para que los enfoques basados en datos comprendan cómo contribuye el metabolismo microbiano a la salud y las enfermedades humanas.
Científicos estadounidenses han presentado un novedoso enfoque integrado para extraer y analizar automáticamente los metabolitos microbianos de 28 millones de registros biomédicos publicados.
Primero, clasificaron 28.851.232 registros de MEDLINE relacionados con el metabolismo microbiano o no. Segundo, los metabolitos microbianos candidatos fueron extraídos de los textos clasificados. Tercero, desarrollaron algoritmos de priorización de señales para diferenciar aún más los metabolitos microbianos de los metabolitos originados en otros recursos.
Por último, analizaron sistemáticamente las interacciones entre los metabolitos microbianos extraídos y los genes humanos. Se extrajeron un total de 11.846 metabolitos de 28 millones de artículos de MEDLINE.
“Nuestro estudio representa el primer esfuerzo hacia la extracción y priorización a gran escala de metabolitos microbianos de más de 28 millones de artículos biomédicos publicados. Analizamos las interacciones entre los metabolitos microbianos identificados y los genes humanos, lo que puede proporcionar una visión mecanicista de cómo la microbiota intestinal contribuye a la salud y las enfermedades humanas”, admiten los científicos.
“Nuestro estudio sentará las bases para el futuro reconocimiento de entidades de metabolitos microbianos y la extracción de relaciones. Una lista completa de metabolitos microbianos también facilitará enormemente los estudios basados en datos sobre cómo los metabolitos microbianos intestinales interactúan con la genética del huésped en diferentes enfermedades humanas. La identificación de los metabolitos microbianos y la comprensión de su función como mediadores clave a través de los cuales estas bacterias intervienen en la patogénesis de las enfermedades permitirá conocer los mecanismos moleculares de la salud y las enfermedades humanas y abrirá nuevas posibilidades para el diagnóstico, la prevención y el tratamiento de las enfermedades”, concluyen.
Para más información: Nature