La interrogación basada en la secuenciación de la microbiota intestinal es un enfoque valioso para detectar microbios asociados con el cáncer colorrectal (CRC); sin embargo, tales estudios a menudo se confunden con el efecto de la preparación intestinal. En este estudio, evaluamos la viabilidad de identificar las bacterias de la mucosa asociadas al CRC a través del perfil a escala de centímetros de la microbiota en tumores y tejidos nocancerosos adyacentes de once pacientes que se sometieron a resección colónica sin preparación intestinal preoperatoria. La secuenciación del gen de ARNr 16S de alto rendimiento reveló que las diferencias entre la microbiota en y fuera del tumor variaban considerablemente entre los pacientes. Para algunos pacientes, los filotipos afiliados a géneros previamente implicados en la carcinogénesis colorrectal, así como los géneros con roles menos bien entendidos en el CCR, se enriquecieron en tejido tumoral, mientras que para otros pacientes, la microbiota dentro y fuera del tumor fueron muy similares. En particular, el enriquecimiento de los filotipos en la mucosa asociada al tumor estaba altamente localizado y ya no era evidente ni siquiera a unos pocos centímetros del tumor. A través de la cultura líquida a corto plazo y la metagenómica, generamos además más de un centenar de genomas ensamblados por metagenomas, varios que representan bacterias que se enriquecieron en muestras tumorales.
Este es uno de los primeros estudios en analizar la microbiota de la mucosa en gran medida no perturbada en muestras de tejido de los colones resecados de pacientes con CCR no preparados. Se espera que futuros estudios con cohortes más grandes aclaren las causas y consecuencias de la variabilidad observada en la aparición de microbiota localizada por tumores entre los pacientes.
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