Los microbios de la mucosa intestinal evolucionaron más cerca del huésped, desarrollando comunidades locales especializadas. Sin embargo, existe un conocimiento insuficiente de estas comunidades ya que la mayoría de los estudios han empleado tecnologías de secuenciación para investigar solo la microbiota fecal.

Este trabajo utilizó la metagenómica de escopeta de biopsias de mucosa para explorar las composiciones de las comunidades microbianas del íleon terminal y el intestino grueso en 5 individuos sanos. Luego se emplearon anotaciones funcionales y modelado metabólico a escala genómica de especies seleccionadas para identificar los enriquecimientos funcionales locales.

Si bien la metagenómica fecal proporcionó una buena aproximación de la composición promedio del microbioma de la mucosa intestinal, las biopsias de la mucosa permitieron detectar las variaciones sutiles de las comunidades microbianas locales. Dado su enriquecimiento significativo en la microbiota de la mucosa, destacamos los roles de las especies de Bacteroides y describimos la biogeografía de la resistencia a los antimicrobianos a lo largo del intestino.

También detallamos qué especies, en qué ubicaciones, están involucradas con la vía triptófano / indol, cuyo mal funcionamiento se ha relacionado con patologías que incluyen la enfermedad inflamatoria intestinal. Por tanto, nuestro estudio proporciona recursos invaluables para investigar los mecanismos que conectan la microbiota intestinal y la fisiopatología del huésped.

Más información: Nature