La disbiosis microbiana se ha implicado en la patogenia del cáncer oral. Analizamos el perfil composicional y metabólico del bacterioma en tres nichos específicos en pacientes con cáncer oral junto con controles utilizando secuenciación 16SrRNA (Illumina Miseq) y software DADA2. Encontramos grandes diferencias entre pacientes y sujetos control. Las comunidades bacterianas asociadas con la superficie del tumor y el tejido tumoral de pares profundos diferían significativamente.

Las superficies de los tumores portaban abundancias elevadas de taxones pertenecientes a los géneros Porphyromonas, Enterobacteriae, Neisseria, Streptococcus y Fusobacteria, mientras que Prevotella, Treponema, Sphingomonas, Meiothermus y Mycoplasma eran significativamente más abundantes en el tejido profundo.

Las vías metabólicas microbianas más abundantes fueron las relacionadas con la biosíntesis de ácidos grasos, el metabolismo del carbono y el metabolismo de los aminoácidos en la superficie del tumor: el metabolismo de los carbohidratos y la degradación de los polímeros orgánicos estaban elevados en los tejidos tumorales.

El bacterioma de la saliva de los pacientes con cáncer oral difería significativamente del tejido tumoral emparejado en términos de estructura de la comunidad, sin embargo, se mantuvo similar a niveles taxonómicos y metabólicos, excepto por las abundancias elevadas de Streptococcus, Lactobacillus y Bacteroides y la biosíntesis de acetoína, respectivamente.

Estos cambios a un perfil proinflamatorio son consistentes con otros estudios que sugieren propiedades oncogénicas. Es importante destacar que la selección de la principal fuente de ADN microbiano es clave para garantizar resultados fiables, reproducibles y comparables en los estudios de microbiomas.

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