El SARS-CoV-2 es la causa del COVID-19. Infecta múltiples órganos, incluidos el tracto respiratorio y el intestino. Los cambios dinámicos de los microbiomas regionales en adultos infectados se desconocen en gran medida. Aquí, realizamos análisis longitudinales de frotis anales y de garganta de 35 COVID-19 y 19 controles adultos sanos, así como de 10 pacientes no COVID-19 con otras enfermedades, mediante secuenciación del gen 16 S rRNA.

Los resultados mostraron una división de los pacientes en 3-4 categorías según los tipos de comunidades microbianas (I-IV) en ambos sitios. La diversidad bacteriana fue menor en los pacientes con COVID-19 que en los controles sanos y disminuyó gradualmente desde el tipo de comunidad I hasta el III / IV.

Aunque el cambio dinámico del microbioma fue complejo durante el COVID-19, se observó una restauración sincrónica de los microbiomas de las vías respiratorias superiores e intestinales desde la disbiosis temprana hacia un estado tardío más diverso en 6/8 pacientes adultos con COVID-19 leve. Estos hallazgos revelan interacciones previamente desconocidas entre los microbiomas del tracto respiratorio superior y del intestino durante el COVID-19.

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